Landschaft und Biodiversität im Südharzer Gipskarst sind vielfältig gefährdet. Durch Tagebaue werden Wälder, Biotope, Böden und die geologischen Naturschätze des Gipskarstes zerstört. Sie können auch nicht wiederhergestellt werden. Die Vielfalt der Arten in der Gipskarstlandschaft Südharz ist oft an die besondere Karstgeologie gekoppelt. Wird diese zerstört, gehen auch die speziellen Arten des Gipskarstes verloren. Alpengänsekresse und Einknolle, eine Orchidee, wurden durch den Abbau an ihren natürlichen Gipskarststandorten ausgerottet. Weitere Faktoren, die Lebensräume und Arten gefährden, sind der Klimawandel, Überdüngung aus Verkehr, Industrie und Landwirtschaft sowie Flächenverluste durch Versiegelung, Rodung oder Grünlandumbruch.
Verinselung von Lebensräumen
Gesteinsgewinnung im Tagebau, Versiegelung von Flächen, Rodung von Wald und Grünlandumbruch verkleinern und zerschneiden die natürlichen Lebensräume. Werden Wäldern und seltene Offenbiotope kleiner und durchschnitten, können ihre typischen Arten nicht mehr wandern. Der genetische Austausch innerhalb der Arten sinkt und damit die Widerstandskraft der Arten und Biotope gegen Umweltänderungen. Klimawandel oder Krankheiten wirken viel stärker auf genetisch verarmte Populationen und Biotope. Das Schutzgebietsnetz „Natura 2000“ der EU hat eigentlich zum Ziel, dieser Verinselung natürlicher Lebensräume und Arten entgegenzuwirken. Dies soll durch Vernetzung der europäischen Schutzgebiete „Natura 2000“ geschehen. Im Südharzer Gipskarst fehlt bisher aber eine solche Vernetzung wertvoller Lebensräume und Arten, besonders für den Wald.
Das folgende Foto zeigt, dass einst zusammenhängender Wald in kleine Inseln zerfällt. Arten und Populationen, die auf Wald angewiesen sind, werden so voneinander isoliert.