Der Grüne Südharzer Gipskarst besteht aus einer Mischung natürlicher Wälder, umgeben von Offenland. Das macht den besonderen Reiz dieses einmaligen Geotops aus. „Grüner“, d.h. bewaldeter Karst auf Gipsgestein, ist weltweit sehr selten.
Durch das zerklüftete Gipsgestein besitzt die Landschaft zudem Standorte für Pflanzen und Tiere, die wie ein 360-Grad-Panorama in alle Himmelsrichtungen zeigen.
1-2-1 Panorama Pfaffenholz
Im Extremfall findet man bizarres Pflanzenwachstum oder Tiere, die kopfüber hängen.
Wälder
Die Wälder im Südharz sind ausschließlich natürliche Laubwälder. Sie stehen oft auf steilen Nordhängen, welche die Harzbäche hier schufen. Die Nordausrichtung macht die Buchenwälder schattig und kühler als anderswo – ideal für den Walderhalt in Zeiten zunehmender Trockenheit.
Die Südharzwälder kommen in verschiedenen Ausprägungen vor. Seltene Schlucht- und Hangmischwälder finden sich in enger Verzahnung mit Waldmeisterbuchenwald, Orchideenbuchenwald und Eichen-Hainbuchenwald.
Ganz feucht stehen Erlen-Eschenwälder (Mühlberg, Nüxei mit Seggenbulten) in Sümpfen und an Bächen. Das ist oft an den Füßen der Gipsberge zu finden, da hier Quellen entspringen oder Harzbäche entlangfließen.
Gewässer
Gewässer finden sich im Gipskarst in den Talauen und an den Hangfüßen. Kuppen und Hänge der Gipsberge entwässern in der Regel unterirdisch durch Gesteinsrisse und -spalten. An den Hangfüßen tritt jedoch das versickerte Hangwasser oft in Form von Quellen aus. Im Gipskarst finden sich Tümpel, Sümpfe und Bachläufe, die zum Teil wieder im Untergrund versinken, um andernorts als Quellen wieder aufzutauchen. Es gibt viele periodische Tümpel, denn die Landschaft hat Tausende von Erdfallsenken, in denen sich Wasser sammelt. Amphibien suchen instinktiv solche periodischen, fischfreien Gewässer auf, da ihr Laich dort nicht gefressen wird.
Riesige Quellen einen das Wasser zahlreicher Karstbäche und Flussversinkungen des Südharzes. So treten in der Rhumequelle bei Rhumspringe im Landkreis Göttingen unterirdische Wässer der Flüsse Oder, Sieber und Rhume wieder aus. In der Salzaquelle bei Nordhausen stammt das Quellwasser unter anderem aus Walkenried und Bad Sachsa.
Ohne Einfluss des Menschen wären die meisten Flächen in Mitteleuropa bewaldet. Natürlich waldfreie Lebensräume sind in Mitteleuropa selten, aber im Südharzer Gipskarst noch vorhanden. So sind Felsen, Gipshänge und Gipsschutthalden natürlich waldfrei, wenn sie steil genug sind oder an ihren Hangfüßen Bäche das Gestein unterhöhlen und immer wieder zum Nachbrechen und Abrutschen bringen. Hier können Bäume nicht sicher wurzeln. Natürlich waldfrei sind auch Schotter- und Sandflächen der Bäche und Flüsse, die wechselnde Wasserstände haben, so bei Oder, Rhume, Zorge oder bei periodisch trockenfallenden Flussabschnitten im Karst, wie an der Wieda und Sieber. In natürlichem Offenland kommen seltene Blütenpflanzen vor, die die lichtreichen, humusarmen Freiflächen brauchen, wo kaum konkurrierende Arten wachsen. Mit den seltenen Blütenpflanzen finden sich hier auch seltene Insekten ein.